החברה האנטומולוגית בישראל נוסדה בכ"ח בשבט התשכ"ב (20 בפברואר 1962). רשימת המייסדים כללה 75 חברים, אך הפעילים המרכזיים בהקמת החברה היו יחזקאל ריבנאי, חנן ביטינסקי-זלץ, רחל גלון, יצחק הרפז, מאיר פנר ושושנה יתום.

במשך 30-20 השנה שלפני ייסוד החברה, קיימו האנטומולוגים בארץ ישראל פגישות בהן נערכו דיונים בנושאים שונים הקשורים בפרוקי רגליים.

פעילותה של החברה מיועדת לקידום היבטים שונים של מחקר על פרוקי רגליים בכלל ועל חרקים בפרט, לרבות אנטומולוגיה חקלאית ויישומית, אקולוגיה, התנהגות, פיזיולוגיה, טקסונומיה, אבולוציה, חינוך, שמירת טבע ועוד.

כיום מונה החברה כ-200 אנטומולוגים מקצועיים וחובבים, אך בכנסים השנתיים שלה משתתפים כ-300 איש ויותר. הצטרפות לחברה מותנית בהגשת בקשה ובתשלום דמי חבר שנתיים.

במסגרת פעילותה, החברה מארגנת כנסים, ימי עיון, פעילויות לחברים ולבני משפחותיהם, ומחלקת מלגות ופרסים לתלמידי מחקר. במסגרת הכנס השנתי של החברה מתקיימות הרצאות ומוצגות כרזות בהן מדווחים המשתתפים על ממצאים וחידושים בתחום האקדמי, היישומי, ומציגים ספרים ותחביבים העוסקים בנושאים הקשורים לפרוקי רגליים. בנוסף לכנס השנתי, מתקיימים במשך השנה גם ימי עיון המוקדשים לנושאים ספציפיים בתמיכת החברה או בארגונה. תקצירי המחקרים שהוצגו בכנסים 18-24 של החברה האנטומולוגית פורסמו בכתב העת Phytoparasitica.

החל משנת 1966, החברה האנטומולוגית בישראל מוציאה לאור את כתב העת המדעי Israel Journal of Entomology. העורך הראשון של עיתון החברה היה חנן ביטינסקי-זלץ, ואחריו ערכו אותו יחזקאל ריבנאי, אלכסנדר טהורי, אורי גרזון, יאיר בן דב, אמנון פרידברג, ודוד פורת. כיום העורך הראשי של העיתון הוא מיכאל מוסטובסקי.